Периодично контролният панел прави проверка и ако не открие файл index, той автоматично записва стандартния.

Това може да се случи дори докато качвате файлове с FTP. 

Решението е просто: изтрийте файла index.html отново. Ако вече има файл index, стандартния няма да се появи отново.