Можеш да ги направиш в две отделни поддиректории на основната, която се отваря. Линковете ще бъдат нещо подобно на http://localhost/joomla1 и http://localhost/joomla2, ако поддиректориите се казват съответно joomla1 и joomla2. Също ще трябва да създадеш 2 отделни бази данни или поне да ползваш различен префикс на таблиците, ако ползваш една база данни.